人里離れた辺境にある博麗神社、その巫女である博麗霊夢は異変の解決に忙しい日々をおくっていた。
魑魅魍魎に加え、妖怪じみた人間が多く住まうこの幻想郷では、平穏な日々が続くことはあまりない。
もとより日常と非日常の境界はなく、異変といえど日常の延長上にあるものだった。

霊夢　「それにしても」

神社の境内で箒に体を預けながら、巫女は言った。

霊夢　「最近、異変が多い気がするわ。それも似たようなのが」
魔理沙　「それはデジャヴュってやつだぜ」

何か面白いものはないかと遊びに来ていた、魔法使いが答えた。

霊夢　「既視感とは…少し違う気がする」
魔理沙　「じゃあ予知夢か？」
霊夢　「それとも違うわね…」

巫女は、幻想郷に起きた異変を察知し、速やかに解決する役目を担っていた。
そして、異変はすべて解決したはず…しかし、異変は外からやってくるものと
考えていた巫女は気付かなかった。

彼女はずっと異変の中心にいた。